Sejarah sesko TNI di awali dengan terbentuknya LEMDIKSKOGAB pada tahun 1970 kemudian dibentuk Sesko ABRI pada tanggal 1 April 1974 dan SESKOGAB pada tanggal 24 September 1974, selanjutnya berubah nama menjadi Sesko ABRI. Dengan berubahnya sebutan ABRI menjadi TNI sesuai Keputusan Menhankam/Panglima TNI Nomor : Skep/259/P/IV/1999, di mana Polri memisahkan diri dari ABRI, maka berubah pula nama Sesko ABRI menjadi Sesko TNI melalui Keputusan Menhankam / Panglima TNI Nomor : Kep/13/P/X/ 1999 tanggal 1 Oktober 1999. Perubahan tersebut berdampak pada para siswa Sesko TNI, di mana semula terdiri dari ketiga Angkatan dan Polri, menjadi hanya dari TNI saja. Berkaitan dengan dicanangkannya reformasi internal TNI tanggal 5 Oktober 1998 dimana Dwifungsi ABRI sudah tidak diberlakukan lagi.

Sesko TNI sebagai lembaga pendidikan tertinggi di TNI telah menyesuaikan dengan merevisi kurikulum pendidikannya secara terprogram dan bertahap. Sebagai lembaga pendidikan karier tertinggi di jajaran TNI, Sesko TNI mempunyai tugas pokok melaksanakan pendidikan dalam bidang Staf dan Komando, pendidikan dan latihan bersifat gabungan, sebagai koordinator pendidikan dan latihan antar Sesko Angkatan dan sebagai lembaga pengkaji dan pengembangan dalam dalam pendidikan dan latihan, strategi militer dan doktrin militer.

Sejak berdirinya Lembaga pendidikan ini, Sesko TNI telah mengalami pergantian Komandan 22 pejabat dan telah menghasilkan alumni sebanyak 4.637 orang Perwira dan diantara mereka telah berhasil menduduki jabatan teras, baik di dalam struktur TNI dan Dephan, serta sebagai Panglima TNI, Kepala Staf Angkatan, Sekjen Dephan dan jabatan di luar TNI dan Dephan, antara lain sebagai Menteri RI dan Kapolri.